Hola BorjaCas
Primero de todo, tiene pinta de que el embrague no es, ya que en los Mokka X (a diferencia de los antiguos Mokka) traen embrague bimasa, y estos normalmente duran más que los convencionales, eso sí son mucho más caros, y también y estos pueden llegar a durar 200k km sin cambiarlos.
El tema del pedal, a mi me pasó algo parecido en un 206 hdi del 2005, el cual fue la razón de cambio al Mokka X.
Yo llamé la grua (si no lo puedes llevar al taller), se lo llevaron y me comentaron en taller que era una pieza rota (desconozco el nombre de la pieza), antes de llamar a la grua me estuve mirando el sistema y no creo que sea el mismo que en el Mokka, ya que era un tipo de hidráulico (igual que el que tienes en la guantera o en el maletero) especial para el pedal.
Es muy raro que te haya pasado en los 45mil km, normalmente esto no pasa tan temprano. Lo usas mucho por ciudad?